O limite mínimo de temperatura para ser utilizado com segurança depende da variedade de maçã, devendo-se evitar temperaturas que possam causar distúrbios fisiológicas pelo frio (chilling) e temperaturas de congelamento. Flutuações de temperatura são, na maioria dos casos, responsáveis pela condensação de água sobre os produtos armazenados, favorecendo o desenvolvimento de podridões. Para um satisfatório controle de temperatura das frutas, é recomendável que a câmara seja dotada de termostato com regulagem da temperatura, com intervalos de 0,1°C.
O termostato deve dispor de diversos sensores de temperatura que acompanham a temperatura na parte superior e inferior da câmara, abaixo do evaporador, onde ocorre o retorno do ar quente, no fundo da câmara (lado oposto do evaporador) e da polpa de uma maçã colocada dentro de um bin. Quando a temperatura do local mais frio da câmara (em cima e no fundo) chegar próximo ao ponto de congelamento a geração de frio deve ser desligada pelo termostato.
Em períodos de baixas temperaturas externas poderá ocorrer um acionamento pouco freqüente da refrigeração, o que poderá gerar um gradiente acentuado de temperatura entre a parte superior e inferior da câmara (> 0,5ºC) por conta da convecção do ar. Nesse caso, o termostato deve acionar apenas os forçadores de ar do evaporador, sem permitir a entrada de refrigerante no evaporador. Se a temperatura da câmara se elevar acima do set point regulado no termostato, ele então deve acionar a entrada de gás refrigerante e os forçadores de ar do evaporador para a geração de frio. Os termômetros e os termostatos eletrônicos, por melhores que sejam, sempre estão sujeitos a erros de leitura.
Por isso, deve-se realizar, pelo menos uma vez ao dia, a medição da temperatura com termômetro de mercúrio, com escala de intervalos de 0,2°C, com o bulbo introduzido na polpa de uma fruta. Deve-se tomar cuidado para não ocorrer congelamento em nenhum local da câmara.
Para obtenção de condições satisfatórias de armazenamento, evitando variações de temperatura na câmara, alguns cuidados devem ser observados antes e durante o armazenamento: